При призначенні венлафаксину у III триместрі вагітності необхідно ретельно оцінювати потенційний ризик і користь від його застосування. У клінічній практиці був відзначений цілий ряд несприятливих ефектів у новонароджених, якщо їх матері приймали венлафаксин, інші інгібітори зворотного захоплення серотоніну та норадреналіну або СИОЗС до або безпосередньо перед пологами, у т.ч. респіраторний дистрес, ціаноз, апное, судоми, нестабільна температура тіла, блювота, гіпоглікемія, гіперрефлексія, тремор, збудливість, безперервний плач. Ці несприятливі ефекти пов'язані або із прямим токсичним впливом, або, можливо, є проявом синдрому відміни (discontinuation effects) у новонародженого. Слід зазначити, що в деяких випадках клінічна картина була схожа з серотоніновим синдромом.